Historisch wurde die Stadt als römische Befestigung unter dem Namen Oppidum Autessiodorum gegründet. Die Via Agrippa reichte ebenfalls an die Siedlung heran. Im 5. Jahrhundert erfuhr die Stadt durch das Wirken des Bischof und Truppenführers Germanus von Auxerre eine erste wirtschaftliche und religiöse Blütezeit. Die Kathedrale liegt im Zentrum der Altstadt auf einem Hügel über der Yonne mitten zwischen den Wohnhäusern, so wie das früher üblich war. Saint-Étienne wurde 1215 begonnen, hat dann aber mehrere Bauphasen erlebt. Die Fassade stammt aus dem ausgehenden 13. Jahrhundert, am Nordturm wurde bis ins 16. Jahrhundert hinein gebaut. Die Höhepunkte der Geschichte von Auxerre erlebt man genau in dieser Kathedrale bei der Licht und Tonschau „Spectacle Son et Lumière" jeden Abend von Juni bis September. Dazu werden auch Kopfhörer mit deutscher Übersetzung angeboten. Die Abtei Saint-Germain d’Auxerre befindet sich im Norden des Stadtzentrums. Das erste Gebäude des Klosters war eine einfache Kapelle, die dazu bestimmt war, die Reliquien des Märtyrers Mauritius und seiner Gefährten aus der Thebaischen Legion aufzunehmen. Zu Beginn des 6. Jahrhunderts ließ die merowingische Königin Chrodechild die Kapelle zu einer Basilika ausbauen. Das Kloster wurde 1567 durch Hugenotten teilweise zerstört, 1810 säkularisiert und im Jahr darauf teilweise abgerissen. Auf dem Gelände der Abtei ist heute das Musée-Abbaye Saint-Germain sowie Musée d’Art et d’Histoire d’Auxerre untergebracht. Zur allgemeinen Begeisterung von Groß und Klein vermietet das Fremdenverkehrsamt Auxerre vier Elektroboote, auf denen jeweils vier bis fünf Personen Platz finden. Für die geräuschlosen Boote benötigt man keinen Bootsführerschein. So kann man Auxerre und Umgebung auf originelle Art und Weise auf dem Nivernais-Kanal erkunden.